智能集菌儀可以在軟件的控制下將不同包裝形式的樣品安全，均勻地轉移到無菌檢測裝置中。避免了傳統無菌檢查中，容易受人員誤操作而導致無菌檢查結果出現偏差甚至影響無菌檢查結果準確性的情況。
智能集菌儀正確操作方法：
(1)取出培育器先檢查包裝是否完好無損，在無菌室內翻開塑料包裝袋。
(2)將培育器逐一插放在不銹鋼座上。
(3)將集菌培育器的彈性軟管裝入智能集菌儀泵頭，要求定位準確，軟管走勢順利。
(4)翻開待檢樣品的瓶蓋插針孔并消毒之，(若檢測安瓿樣品，先將安瓿頸部消毒，然后翻開并將安瓿)樣品瓶定位。
(5)拔去進樣雙芯針管之護套，插入樣品瓶中，敞開集菌儀，施行過濾集菌(應防止雙芯針管進氣，濾膜被藥液浸濕，影響進氣)。
(6)完結集菌后，若樣品含抑菌物質，按藥典規范要求適當用沖洗液清洗，清洗方法與集菌過程相同。
(7)消毒培育基瓶插針孔處。
(8)摘下頂部空氣濾器開口的膠塞，套在培育器底口上，用軟管夾子，順次開閉軟管，敞開集菌儀，將培育基泵入的培育器內。
(9)用夾片夾閉與培育器銜接部的軟管，留下5～6cm軟管，剪除其余部分，并將開口端插在空氣過濾器開口上。
(10)別離按規則進行培育。
(11)調查培育狀況，若需取樣別離培育，可將軟管消毒，用無菌注。
