根據生物安全防護水平的差異，生物安全柜可分為一-級、二級和三級三種類型。

一級生物安全柜可保護工作人員和環境而不保護樣品。其氣流原理和實驗室通風櫥基本相同，不同之處在于排氣口安裝有HEPA過濾器，將外排氣流過濾進而防止微生物溶膠擴散造成污染。-級生物安全柜本身無風機，依賴外接通風管中的風機帶動氣流，由于不能保護柜內產品，目前已較少使用。

二級生物安全柜是目前應用最為廣泛的柜型。按照《中華人民共和國醫藥行業標生物安全柜準YY0569-2005生物安全柜》中的規定，二級生物安全柜依照入口氣流風速、排氣方式和循環方式可分為4個級別: A1型，A2型，B1型和B2型。所有的二級生物安全柜都可提供工作人員、環境和產品的保護。

三級生物安全柜是為生物安全防護等級為4級實驗室而設計的，柜體*氣密，工作人員通過連接在柜體的手套進行操作，俗稱手套箱(Golve box),試驗品通過雙i ]J的傳遞箱進出安全柜以確保不受污染，適用于高風險的生物試驗，如進行SARS、埃博拉病毒相關實驗等。