B2生物安全柜將房間空氣（供給空氣）經前面的開口引入安全柜內并進入前面的進風格柵。在正面開口處的空氣流入速度至少應該達0.38 m/s。然后，供氣通過供風過濾器，再向下流動通過工作臺面。
空氣在向下流動到距工作臺面大約6～18cm處分開，其中的一半會通過前面的排風格柵，而另一半則通過后面的排風格柵排出，所有在工作臺面形成的氣溶膠立刻被這樣向下的氣流帶走，并經兩組排風格柵排出，從而為實驗對象提供好的保護。氣流接著通過后面的壓力通風系統到達位于安全柜頂部、介于供風和排風過濾器之間的空間。由于過濾器大小不同，大約70%的空氣將經過供風過濾器重新返回到生物安全柜內的操作區域，而剩余的30%則經過排風過濾器進入房間內或被排到外面。
目前國家標準要求的生物安全柜規格有兩種，一種是A2型的半排風生物安全柜，一種是B2型的全排風生物安全柜，那么符合國家要求的半排生物安全柜和全排生物安全柜有什么區別呢，用戶又如何針對半排生物安全柜和全排生物安全柜進行選型呢？
半排生物安全柜即A2型生物安全柜，排風方式為30%外排，70%內循環，也就是生物安全柜中實驗操作區域的氣流經過風機吸入高效過濾器，進行過濾凈化后30%排除柜體，70%通過柜體重新進入操作區域，確保操作區域的氣流都是潔凈安全氣流。A2型半排生物安全柜的安裝比較簡單，我們都是整機發貨，到貨后客戶只需要將安全柜主機抬到支架上并固定就可以直接插電使用了。
全排生物安全柜即B2生物安全柜，排風方式為100%外排，也就是將操作區域的氣流經過風機吸入高效過濾器，經過過濾凈化后全部排到室外，是操作區域的被污染氣流全部實時被排除，從而保證操作者和實驗樣品的安全。b2型全排生物安全柜需要外接管道和風機將過濾的其體引出并排除室外。
